Une nouvelle restriction se profile pour les arrêts de travail liés aux affections de longue durée (ALD) dites « non exonérantes ». Selon un projet de décret dont Les Échos et AEF info ont eu connaissance, la durée maximale pendant laquelle les indemnités journalières pourraient être versées serait ramenée de trois ans à un an.
- La mesure viserait notamment les personnes souffrant de dépression légère ou de troubles musculosquelettiques (TMS). Elle doit, selon le projet, entrer en vigueur le 1er octobre 2026.
- Mais une précision juridique est importante : il s’agit à ce stade d’un projet de décret, et non d’une disposition réglementaire publiée au Journal officiel.
- Le droit actuellement en vigueur prévoit toujours un régime pouvant aller jusqu’à trois ans pour les affections relevant de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale.
Trois ans d’indemnisation : un régime jusqu’ici plus favorable
Le mécanisme des ALD « non exonérantes » concerne des assurés dont l’état de santé nécessite une interruption de travail ou des soins continus pendant une durée importante, mais qui ne relèvent pas des ALD ouvrant droit à l’exonération du ticket modérateur.
La différence est importante : l’ALD non exonérante ne signifie pas que les soins sont pris en charge à 100 %. Elle permet notamment, lorsque les conditions sont réunies, de bénéficier de règles spécifiques pour l’indemnisation des arrêts de travail.
Jusqu’à présent, le dispositif permettait de bénéficier d’indemnités journalières pendant une période maximale de 1.095 jours, soit trois ans, calculée de date à date pour chaque affection. L’Assurance Maladie confirmait encore ce principe en avril 2026.
À titre de comparaison, pour un arrêt maladie relevant du droit commun, le plafond est de 360 indemnités journalières sur une période de trois ans.
C’est précisément cette différence que le gouvernement entendrait réduire.
Dépression légère et TMS particulièrement concernés
Le choix de cibler ce régime n’est pas nouveau. La question avait déjà été largement documentée dans le cadre de la préparation de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026.
Dans son rapport Charges et produits 2026, la Caisse nationale de l’Assurance Maladie relevait que les principales pathologies concernées par les ALD non exonérantes étaient la dépression légère, pour 33 % des situations, et les troubles musculosquelettiques, pour 32 %.
L’enjeu financier est également considérable. Selon les données reprises dans les travaux parlementaires, les indemnités journalières liées aux ALD non exonérantes représentaient en 2023 environ 3,17 milliards d’euros pour 401 000 arrêts. Les dépenses correspondantes avaient progressé de plus de 6,4 % par an, contre 0,9 % pour les ALD exonérantes.
Le gouvernement cherche donc à agir sur un dispositif considéré comme particulièrement favorable en matière d’indemnisation des arrêts longs.
Une réforme déjà envisagée dans le PLFSS 2026
Cette restriction ne sort pas de nulle part. Le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 comportait initialement un article 29 consacré précisément à cette question.
Le texte proposait de supprimer les règles dérogatoires applicables aux ALD non exonérantes et de faire relever ces assurés des règles de droit commun en matière d’indemnités journalières. L’objectif affiché était de limiter la croissance des dépenses mais également de favoriser la prévention de la désinsertion professionnelle.
La mesure a toutefois été supprimée au cours de l’examen parlementaire. Elle ne figure donc pas dans la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2026.
C’est ce qui rend le projet de décret particulièrement notable : le gouvernement chercherait désormais à revenir sur cette question par voie réglementaire, en conservant un dispositif spécifique mais en réduisant sa durée maximale d’indemnisation à un an.
À ne pas confondre avec la durée de prescription d’un arrêt
Cette nouvelle mesure intervient alors qu’une autre réforme des arrêts maladie vient déjà d’entrer en application.
Depuis le 1er septembre 2026, le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne la durée des prescriptions à 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation. Le médecin peut toutefois déroger à ces plafonds lorsqu’il justifie la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient et des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu’elles existent.
Il s’agit d’un mécanisme différent de celui actuellement envisagé pour les ALD non exonérantes :
| Mesure | Ce qui change | Date |
|---|---|---|
| Prescription d’un arrêt | 31 jours maximum en première prescription, 62 jours en prolongation, sauf justification médicale | 1er septembre 2026 |
| ALD non exonérante | Projet de réduction de la période maximale d’indemnisation de 3 ans à 1 an | 1er octobre 2026 annoncé |
| ALD exonérante | Pas de réduction annoncée dans le projet présenté | — |
La première mesure concerne donc la durée de l’arrêt prescrit par le professionnel de santé. La seconde concerne la durée pendant laquelle l’Assurance Maladie pourrait verser les indemnités journalières.
Les ALD exonérantes ne seraient pas concernées
Le projet présenté ne remettrait pas en cause le régime applicable aux ALD exonérantes, c’est-à-dire aux affections répondant aux critères permettant une exonération de la participation de l’assuré pour les soins en lien avec la maladie.
Le régime des ALD repose notamment sur les situations prévues aux 3° et 4° de l’article L. 160-14 du Code de la sécurité sociale. L’article L. 323-1 distingue, pour sa part, les affections relevant de la procédure prévue à l’article L. 324-1 et les autres affections.
Il faut donc éviter un raccourci : la réforme annoncée ne supprimerait pas les trois ans d’indemnisation pour toutes les ALD. Elle viserait spécifiquement le régime des ALD non exonérantes.
Une nouvelle étape dans le resserrement des arrêts longs
Cette annonce intervient dans un contexte plus large de maîtrise des dépenses d’indemnités journalières.
La LFSS pour 2026 a déjà donné une base législative à plusieurs mesures concernant les arrêts de travail. Son article 81 permet notamment de fixer par décret un plafond à la durée des prescriptions et des prolongations, tout en prévoyant des possibilités de dérogation médicalement justifiées.
Le même article prévoit par ailleurs une réforme de la durée maximale d’indemnisation des arrêts liés aux accidents du travail et aux maladies professionnelles. Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 fixe ainsi à quatre ans par sinistre la durée maximale de versement des indemnités journalières AT/MP, avec une entrée en vigueur pour les sinistres intervenant à compter du 1er janvier 2027.
La réduction envisagée pour les ALD non exonérantes s’inscrit donc dans une séquence plus large de réexamen des règles d’indemnisation des arrêts de longue durée.
Ce qu’il faut retenir
À ce jour, la baisse de trois à un an n’est pas encore une règle applicable : elle figure dans un projet de décret. Si le texte est publié dans sa version annoncée, les personnes relevant d’une ALD non exonérante pourraient voir leur période maximale d’indemnisation passer de trois ans à un an à compter du 1er octobre 2026.
Le point essentiel sera donc le contenu définitif du décret, notamment son champ exact, ses dispositions transitoires et son articulation avec les droits déjà ouverts. Le régime actuellement codifié demeure, lui, fondé sur l’article L. 323-1 du Code de la sécurité sociale et prévoit toujours un traitement particulier des affections relevant de l’article L. 324-1.
Textes de référence : article L. 323-1 du Code de la sécurité sociale – Légifrance ; loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 – LFSS 2026 ; décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 ; décret n° 2026-501 du 12 juin 2026.