Depuis ce jeudi 15 octobre 2026, la durée maximale d’indemnisation de certains arrêts maladie de longue durée passe de trois ans à un an. La mesure concerne les affections de longue durée (ALD) non exonérantes, avec des règles transitoires pour les arrêts déjà en cours. Les ALD exonérantes conservent une durée maximale de trois ans.
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Publié au Journal officiel du 18 septembre, le décret entre aujourd’hui en application pour les situations qu’il vise. Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 resserre fortement l’indemnisation de certains arrêts longs, notamment ceux associés à des formes légères de dépression ou à des troubles musculosquelettiques.
La nuance est essentielle : le texte ne fixe pas à un an la durée médicale maximale de l’arrêt. Il limite à un an la période durant laquelle l’Assurance Maladie peut verser des indemnités journalières au titre d’une ALD non exonérante.
Une indemnisation divisée par trois
Avant cette réforme, la période maximale d’indemnisation dérogatoire d’une ALD non exonérante était fixée à trois ans, sous réserve de remplir les conditions requises.
Pour les arrêts entrant dans le nouveau dispositif, la prise en charge ne pourra plus dépasser un an. Cette réduction vise les maladies qui imposent une interruption de travail ou des soins prolongés, mais qui ne donnent pas droit à l’exonération du ticket modérateur.
Une dépression ou des troubles musculosquelettiques peuvent relever d’une ALD non exonérante. Mais le diagnostic, à lui seul, ne détermine pas la catégorie : certaines affections psychiatriques graves peuvent être reconnues en ALD exonérante. Le médecin traitant ou le service médical de la caisse peut préciser la reconnaissance accordée et ses conséquences pour l’assuré.
Quels arrêts sont concernés à partir du 15 octobre 2026 ?
Le nouveau plafond s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, ainsi qu’aux arrêts en cours à cette date lorsque l’incapacité de travail atteint six mois à compter de cette date.
Les arrêts commencés avant le 15 octobre ne sont donc pas tous protégés. Le Code du travail numérique précise que les salariés déjà en arrêt depuis plus de six mois au 15 octobre restent soumis aux anciennes règles et peuvent être indemnisés pendant trois ans maximum.
L’article 3 du décret maintient plus précisément les dispositions antérieures jusqu’au terme de la période maximale de trois ans pour les assurés bénéficiant déjà, au 15 octobre, de la reconnaissance prévue par l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, sans exonération au titre des dispositions visées par le texte. La caisse doit confirmer le régime applicable au dossier.
Exemple : un salarié dont l’arrêt a commencé en juillet 2026 et se poursuit au 15 octobre peut relever du nouveau plafond lorsqu’il atteint six mois d’incapacité. À l’inverse, un salarié déjà arrêté depuis plus de six mois à cette date reste, selon les précisions du ministère du Travail, sous les anciennes règles.
Pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation au titre de la même maladie, une reprise du travail d’au moins un an est nécessaire. La nouvelle période maximale sera d’un an pour l’ALD non exonérante concernée ; elle reste de trois ans pour une ALD exonérante.
Cancer, diabète : les ALD exonérantes restent protégées
La réforme ne réduit pas à un an l’indemnisation de toutes les personnes atteintes d’une affection longue.
Les ALD dites exonérantes restent exclues de cette baisse. Les assurés concernés, notamment en cas de cancer ou de diabète reconnu en ALD, peuvent toujours bénéficier d’une indemnisation pouvant aller jusqu’à trois ans, lorsque les conditions sont remplies.
Une ALD exonérante permet aussi une prise en charge à 100 % de la base de remboursement de la Sécurité sociale pour les soins liés à la maladie. Une ALD non exonérante n’ouvre pas ce droit, même si elle pouvait jusqu’ici donner accès à une durée d’indemnisation plus favorable pour un arrêt de travail.
Ce que la mesure change pour les salariés
Au terme de la première année, la fin des indemnités journalières ne signifie pas nécessairement que la personne est apte à reprendre son emploi. Elle marque la fin de la prise en charge prévue par ce régime particulier.
Selon la situation médicale et professionnelle du salarié, d’autres solutions peuvent alors être étudiées avec la CPAM, le médecin traitant et le médecin du travail : reprise aménagée, temps partiel thérapeutique lorsque ses conditions sont réunies, reconnaissance d’une invalidité ou préparation d’un retour dans l’entreprise.
La réforme peut donc provoquer une chute de revenu pour des personnes toujours malades. Elle rend aussi plus pressante l’anticipation du retour au travail, en particulier lorsque l’absence se prolonge plusieurs mois.
Ce que les employeurs doivent surveiller
La fin des indemnités versées par l’Assurance Maladie ne met pas automatiquement fin au contrat de travail et n’autorise pas l’employeur à considérer le salarié comme apte. L’entreprise ne connaît d’ailleurs pas le diagnostic médical du salarié.
Elle doit vérifier les dispositions de la convention collective, du contrat de prévoyance et du régime de maintien de salaire. Selon les textes applicables, la réduction de la prise en charge par la Sécurité sociale peut modifier les modalités d’indemnisation complémentaire ou de subrogation.
Pour préparer une absence longue, l’employeur peut aussi s’appuyer sur la visite de préreprise et le médecin du travail. Un salarié malade ne peut pas être licencié en raison de son état de santé. Un remplacement définitif reste toutefois possible dans des conditions strictes lorsque l’absence prolongée désorganise réellement l’entreprise. TPE Actu détaille ces règles dans son article : Malade, absent longtemps : l’employeur peut-il finalement remplacer un salarié ?
Une sanction immédiate en cas de recherche injustifiée d’arrêts
Depuis le 19 septembre 2026, soit le lendemain de la publication du décret, un assuré peut être pénalisé s’il abuse de sa qualité afin d’obtenir, sans justification médicale, des prescriptions d’arrêt de travail sans rapport avec son état de santé.
Cette disposition s’ajoute aux contrôles déjà menés par l’Assurance Maladie. Elle ne donne pas à l’employeur accès au dossier médical du salarié et ne lui permet pas de qualifier lui-même un arrêt d’abusif.
Cette nouvelle règle complète plusieurs restrictions déjà entrées en vigueur. Depuis le 1er septembre 2026, une première prescription est en principe limitée à 31 jours et une prolongation à 62 jours, sauf dérogation médicalement justifiée. Ces plafonds portent sur chaque prescription, et non sur la durée totale d’indemnisation. Retrouvez le détail dans notre guide : Arrêt maladie : ce qui change au 1er septembre 2026
Le gouvernement prépare par ailleurs une réforme plus large des arrêts maladie, qui pourrait notamment toucher le délai de carence et les règles de calcul des indemnités. Les pistes actuellement examinées sont présentées dans cet article de TPE Actu.
Ce qu’il faut retenir
- La durée maximale de versement des indemnités journalières passe de trois ans à un an pour les ALD non exonérantes concernées.
- La règle s’applique depuis le 15 octobre 2026 aux nouveaux arrêts et à certains arrêts en cours, sous réserve des dispositions transitoires.
- Les ALD exonérantes, notamment le cancer et le diabète, ne sont pas touchées par cette réduction.
- La durée médicale de l’arrêt et la durée de son indemnisation sont deux notions différentes.
- La sanction visant la recherche injustifiée de prescriptions d’arrêt est applicable depuis le 19 septembre 2026.
Source : décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, publié au Journal officiel du 18 septembre ; explications du ministère du Travail. Article mis à jour le 15 octobre 2026.
Signature : Par Cécile Vicini, journaliste
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