Les trois premiers jours d’un arrêt maladie ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale. Certaines entreprises compensent cette perte, mais la taille de l’employeur et la branche professionnelle changent radicalement la donne. Une étude publiée par la Dares révèle une protection à deux vitesses.
Pour vérifier les démarches, l’indemnisation et les obligations de chaque partie, consultez notre guide complet de l’arrêt maladie en 2026.
- Trois jours d’arrêt, trois jours potentiellement retranchés de la paie. En 2024, seules 45 % des entreprises privées d’au moins dix salariés déclaraient indemniser tout ou partie des trois jours de carence, selon une étude de la Dares publiée en septembre 2026. Elles employaient toutefois 66 % des salariés entrant dans le champ de l’enquête.
- Ce décalage n’a rien d’anodin. Il montre que la prise en charge se concentre chez les employeurs de grande taille. Pour un salarié malade, le maintien de la rémunération dépend donc fortement de l’entreprise dans laquelle il travaille.
Seulement 41 % des entreprises de 10 à 49 salariés indemnisent la carence
La fracture apparaît nettement lorsque la Dares classe les entreprises selon leurs effectifs. Parmi celles qui comptent de 10 à 49 salariés, 41 % prennent en charge au moins une partie des trois premiers jours d’arrêt. Le taux grimpe à 81 % chez les entreprises de 500 salariés ou plus.
Les structures de grande taille sont donc presque deux fois plus nombreuses à neutraliser la carence. La Dares précise qu’à caractéristiques comparables, une entreprise de 500 salariés ou plus a une propension à indemniser 1,9 fois supérieure à celle d’une entreprise de 10 à 49 salariés.
Attention toutefois à ne pas faire dire à l’étude ce qu’elle ne mesure pas. Les entreprises de moins de dix salariés ne figurent pas dans l’échantillon. Aucun pourcentage propre aux plus petites TPE ne peut donc être avancé à partir de ces résultats.
Deux salariés sur trois sont couverts, mais pas toujours de la même manière
Au total, 22 % des entreprises interrogées indemnisent les jours de carence pour tous leurs salariés. Presque autant, 23 %, réservent cette couverture à une partie de leur personnel, selon l’ancienneté, le statut ou les règles prévues par l’accord applicable. À l’inverse, 46 % ne versent aucune indemnisation pendant ces trois jours. Les 10 % restants n’ont pas répondu ou ne savaient pas répondre.
Lorsque l’entreprise intervient, elle ne se contente généralement pas d’un geste limité : neuf sur dix prennent en charge les trois jours complets. Le débat ne porte donc pas seulement sur le montant versé, mais d’abord sur l’existence même d’une couverture.
De 85 % dans la métallurgie à 13 % dans l’hôtellerie-restauration
La branche professionnelle creuse des écarts encore plus spectaculaires. Dans la métallurgie et la sidérurgie, 85 % des entreprises indemnisent tout ou partie de la carence. La proportion atteint 74 % dans les bureaux d’études et les prestations de services aux entreprises, 73 % dans les services de l’automobile et 71 % dans les banques, les établissements financiers et les assurances.
En bas du classement, seules 13 % des entreprises de l’hôtellerie, de la restauration et du tourisme compensent ces premiers jours. Elles sont 16 % dans le commerce principalement alimentaire et 20 % dans le nettoyage, la manutention, la récupération et la sécurité.
La chimie et la pharmacie se situent parmi les branches les plus protectrices, avec 70 % des entreprises concernées. Ces écarts rappellent au dirigeant qu’il ne peut pas appliquer une règle uniforme sans consulter le texte collectif dont dépend son activité.
La convention collective décide le plus souvent
Dans 66 % des entreprises qui compensent la carence, la mesure découle d’un accord de branche ou d’une convention collective. L’accord d’entreprise, y compris de prévoyance, représente 9 % des cas. Une décision unilatérale de l’employeur pèse également 9 %.
Avant de traiter la paie d’un salarié malade, le premier réflexe consiste donc à vérifier la convention collective, les accords applicables et le contrat de prévoyance. Une entreprise peut être tenue de couvrir les trois premiers jours même si le régime légal de la Sécurité sociale ne le prévoit pas.
L’étude relève également un lien marqué avec le dialogue social. La carence est indemnisée dans 68 % des entreprises où des négociations collectives se tiennent, contre 40 % dans celles où aucune négociation n’a lieu. La proportion atteint 71 % en présence d’une couverture syndicale, mais tombe à 34 % lorsqu’il n’existe aucune instance représentative du personnel.
Ce que la loi impose réellement à l’employeur
Pour une maladie ordinaire, l’Assurance maladie commence à verser les indemnités journalières au quatrième jour. Les trois premiers jours constituent la carence de la Sécurité sociale.
Le complément légal de l’employeur obéit à un autre calendrier. Comme le rappelle le ministère de l’Économie, il est soumis à un délai de sept jours pour une maladie non professionnelle. Il débute donc, en principe, au huitième jour, sous réserve que le salarié remplisse les conditions requises, dont une année d’ancienneté. Une convention ou un accord plus favorable peut supprimer ou réduire cette attente.
- Vérifiez la convention collective et les accords d’entreprise.
- Contrôlez les conditions d’ancienneté et les catégories de salariés couvertes.
- Consultez le contrat de prévoyance avant d’établir la paie.
- Conservez une règle identique pour les salariés placés dans une situation comparable.
- Faites apparaître clairement le maintien de salaire et les indemnités journalières sur le bulletin.
Les règles diffèrent pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, pour lesquels le délai de sept jours applicable au complément légal est supprimé. Des dispositions particulières existent aussi en Alsace-Moselle.
Une protection sociale très inégale selon l’employeur
La Dares ne dresse pas seulement un état des pratiques patronales. Ses chiffres montrent qu’un même arrêt de trois jours peut entraîner une perte de salaire chez l’un et être intégralement couvert chez l’autre, selon la branche, la taille de l’entreprise ou l’accord négocié.
Cette publication arrive alors que les règles d’indemnisation des arrêts maladie se durcissent sur d’autres terrains. TPE Actu a notamment détaillé la réduction à un an de la durée maximale d’indemnisation de certaines ALD non exonérantes.
Pour les dirigeants, la leçon est très concrète : le mot « carence » ne suffit pas à déterminer ce qui doit être versé. La réponse se trouve dans un empilement de règles légales, conventionnelles et contractuelles. Pour les salariés, l’adresse de l’employeur continue de peser lourd sur la fiche de paie lorsqu’une maladie les contraint à s’arrêter.
Méthodologie de l’étude
Les résultats proviennent de l’enquête annuelle Acemo sur le dialogue social en entreprise, menée en 2025 par la Dares. Ils portent sur l’année 2024 et reposent sur 11.400 réponses exploitables. Le champ représente 274.000 entreprises privées non agricoles d’au moins dix salariés, situées en France hors Mayotte, et environ 16,5 millions de salariés.
Les trois premiers jours d’un arrêt maladie ne sont pas indemnisés par la Sécurité sociale. Certaines entreprises compensent cette perte, mais la taille de l’employeur et la branche professionnelle changent radicalement la donne. Une étude publiée par la Dares révèle une protection à deux vitesses.
- Trois jours d’arrêt, trois jours potentiellement retranchés de la paie. En 2024, seules 45 % des entreprises privées d’au moins dix salariés déclaraient indemniser tout ou partie des trois jours de carence, selon une étude de la Dares publiée en septembre 2026. Elles employaient toutefois 66 % des salariés entrant dans le champ de l’enquête.
- Ce décalage n’a rien d’anodin. Il montre que la prise en charge se concentre chez les employeurs de grande taille. Pour un salarié malade, le maintien de la rémunération dépend donc fortement de l’entreprise dans laquelle il travaille.
Seulement 41 % des entreprises de 10 à 49 salariés indemnisent la carence
La fracture apparaît nettement lorsque la Dares classe les entreprises selon leurs effectifs. Parmi celles qui comptent de 10 à 49 salariés, 41 % prennent en charge au moins une partie des trois premiers jours d’arrêt. Le taux grimpe à 81 % chez les entreprises de 500 salariés ou plus.
Les structures de grande taille sont donc presque deux fois plus nombreuses à neutraliser la carence. La Dares précise qu’à caractéristiques comparables, une entreprise de 500 salariés ou plus a une propension à indemniser 1,9 fois supérieure à celle d’une entreprise de 10 à 49 salariés.
Attention toutefois à ne pas faire dire à l’étude ce qu’elle ne mesure pas. Les entreprises de moins de dix salariés ne figurent pas dans l’échantillon. Aucun pourcentage propre aux plus petites TPE ne peut donc être avancé à partir de ces résultats.
Deux salariés sur trois sont couverts, mais pas toujours de la même manière
Au total, 22 % des entreprises interrogées indemnisent les jours de carence pour tous leurs salariés. Presque autant, 23 %, réservent cette couverture à une partie de leur personnel, selon l’ancienneté, le statut ou les règles prévues par l’accord applicable. À l’inverse, 46 % ne versent aucune indemnisation pendant ces trois jours. Les 10 % restants n’ont pas répondu ou ne savaient pas répondre.
Lorsque l’entreprise intervient, elle ne se contente généralement pas d’un geste limité : neuf sur dix prennent en charge les trois jours complets. Le débat ne porte donc pas seulement sur le montant versé, mais d’abord sur l’existence même d’une couverture.
De 85 % dans la métallurgie à 13 % dans l’hôtellerie-restauration
La branche professionnelle creuse des écarts encore plus spectaculaires. Dans la métallurgie et la sidérurgie, 85 % des entreprises indemnisent tout ou partie de la carence. La proportion atteint 74 % dans les bureaux d’études et les prestations de services aux entreprises, 73 % dans les services de l’automobile et 71 % dans les banques, les établissements financiers et les assurances.
En bas du classement, seules 13 % des entreprises de l’hôtellerie, de la restauration et du tourisme compensent ces premiers jours. Elles sont 16 % dans le commerce principalement alimentaire et 20 % dans le nettoyage, la manutention, la récupération et la sécurité.
La chimie et la pharmacie se situent parmi les branches les plus protectrices, avec 70 % des entreprises concernées. Ces écarts rappellent au dirigeant qu’il ne peut pas appliquer une règle uniforme sans consulter le texte collectif dont dépend son activité.
La convention collective décide le plus souvent
Dans 66 % des entreprises qui compensent la carence, la mesure découle d’un accord de branche ou d’une convention collective. L’accord d’entreprise, y compris de prévoyance, représente 9 % des cas. Une décision unilatérale de l’employeur pèse également 9 %.
Avant de traiter la paie d’un salarié malade, le premier réflexe consiste donc à vérifier la convention collective, les accords applicables et le contrat de prévoyance. Une entreprise peut être tenue de couvrir les trois premiers jours même si le régime légal de la Sécurité sociale ne le prévoit pas.
L’étude relève également un lien marqué avec le dialogue social. La carence est indemnisée dans 68 % des entreprises où des négociations collectives se tiennent, contre 40 % dans celles où aucune négociation n’a lieu. La proportion atteint 71 % en présence d’une couverture syndicale, mais tombe à 34 % lorsqu’il n’existe aucune instance représentative du personnel.
Ce que la loi impose réellement à l’employeur
Pour une maladie ordinaire, l’Assurance maladie commence à verser les indemnités journalières au quatrième jour. Les trois premiers jours constituent la carence de la Sécurité sociale.
Le complément légal de l’employeur obéit à un autre calendrier. Comme le rappelle le ministère de l’Économie, il est soumis à un délai de sept jours pour une maladie non professionnelle. Il débute donc, en principe, au huitième jour, sous réserve que le salarié remplisse les conditions requises, dont une année d’ancienneté. Une convention ou un accord plus favorable peut supprimer ou réduire cette attente.
- Vérifiez la convention collective et les accords d’entreprise.
- Contrôlez les conditions d’ancienneté et les catégories de salariés couvertes.
- Consultez le contrat de prévoyance avant d’établir la paie.
- Conservez une règle identique pour les salariés placés dans une situation comparable.
- Faites apparaître clairement le maintien de salaire et les indemnités journalières sur le bulletin.
Les règles diffèrent pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, pour lesquels le délai de sept jours applicable au complément légal est supprimé. Des dispositions particulières existent aussi en Alsace-Moselle.
Une protection sociale très inégale selon l’employeur
La Dares ne dresse pas seulement un état des pratiques patronales. Ses chiffres montrent qu’un même arrêt de trois jours peut entraîner une perte de salaire chez l’un et être intégralement couvert chez l’autre, selon la branche, la taille de l’entreprise ou l’accord négocié.
Cette publication arrive alors que les règles d’indemnisation des arrêts maladie se durcissent sur d’autres terrains. TPE Actu a notamment détaillé la réduction à un an de la durée maximale d’indemnisation de certaines ALD non exonérantes.
Pour les dirigeants, la leçon est très concrète : le mot « carence » ne suffit pas à déterminer ce qui doit être versé. La réponse se trouve dans un empilement de règles légales, conventionnelles et contractuelles. Pour les salariés, l’adresse de l’employeur continue de peser lourd sur la fiche de paie lorsqu’une maladie les contraint à s’arrêter.
Méthodologie de l’étude
Les résultats proviennent de l’enquête annuelle Acemo sur le dialogue social en entreprise, menée en 2025 par la Dares. Ils portent sur l’année 2024 et reposent sur 11.400 réponses exploitables. Le champ représente 274.000 entreprises privées non agricoles d’au moins dix salariés, situées en France hors Mayotte, et environ 16,5 millions de salariés.