Arrêt maladie : droits du salarié et obligations de l’employeur en 2026

Lorsqu’un salarié tombe malade, les questions arrivent vite : qui prévenir, dans quel délai, combien de jours seront indemnisés, que peut contrôler l’employeur et comment préparer la reprise ? Ce guide rassemble les règles applicables en 2026 et renvoie vers les dossiers détaillés de TPE Actu.

Un arrêt maladie suspend le contrat de travail. Le salarié ne travaille plus pendant la période prescrite, mais le contrat n’est pas rompu. Il doit respecter les démarches imposées par l’Assurance Maladie et informer son employeur. De son côté, l’entreprise doit traiter l’absence, transmettre les éléments nécessaires à l’indemnisation et protéger les informations médicales.

Quelles démarches accomplir dans les 48 heures ?

Lorsque l’arrêt est télétransmis par le professionnel de santé, l’Assurance Maladie reçoit directement les volets qui lui sont destinés. Le salarié doit néanmoins adresser le volet employeur dans les 48 heures. Si le médecin utilise un formulaire papier, les volets 1 et 2 sont envoyés à la CPAM et le volet 3 à l’employeur dans le même délai.

• prévenir l’employeur selon les modalités prévues par l’entreprise ou la convention collective ;
• transmettre l’avis d’arrêt dans les 48 heures ;
• communiquer l’adresse où le salarié peut être contrôlé, lorsqu’elle diffère de son domicile ;
• respecter les heures de présence et les prescriptions du médecin ;
• ne pas exercer une activité non autorisée pendant l’arrêt.

Depuis le 1er juillet 2025, un arrêt établi sur papier doit utiliser le formulaire sécurisé. Les scans et photocopies ne sont plus acceptés par la CPAM. Pour une prescription à distance, consultez aussi notre dossier sur la limite applicable aux arrêts délivrés en téléconsultation.

31 jours, 62 jours : quelle est la durée maximale d’un arrêt ?

Depuis le 1er septembre 2026, une première prescription est en principe limitée à 31 jours. Une prolongation peut couvrir jusqu’à 62 jours. Le professionnel de santé peut dépasser ces plafonds lorsqu’une durée plus longue est médicalement nécessaire et qu’il la justifie sur la prescription.

Ces limites s’appliquent à chaque prescription. Elles ne fixent pas la durée totale pendant laquelle une personne peut être médicalement arrêtée. Elles ne doivent pas non plus être confondues avec la durée de versement des indemnités journalières. Notre article sur les plafonds de 31 et 62 jours détaille les dérogations et les renouvellements.

Indemnités journalières et délai de carence

Sous réserve de remplir les conditions d’activité ou de cotisations, le salarié peut percevoir des indemnités journalières de l’Assurance Maladie. Elles correspondent à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite du plafond en vigueur. Le calcul repose généralement sur les salaires bruts des trois mois précédant l’arrêt.

Les indemnités sont normalement dues à partir du quatrième jour : les trois premiers jours constituent le délai de carence. Des exceptions existent, notamment pour une prolongation intervenant après une reprise très courte, certains arrêts liés à une ALD, un accident du travail, une maladie professionnelle ou une interruption spontanée de grossesse. TPE Actu explique les règles particulières de l’arrêt sans carence après une fausse couche.

L’Assurance Maladie verse habituellement les IJ au salarié. En cas de subrogation, elles sont versées à l’employeur, qui maintient tout ou partie de la rémunération. La convention collective, un accord d’entreprise ou le contrat de prévoyance peuvent prévoir une protection plus favorable.

Lorsque la rémunération comprend des commissions, primes ou autres éléments variables, le calcul du complément employeur demande une vigilance particulière. Retrouvez la méthode dans notre article consacré au maintien de salaire avec une rémunération variable.

ALD et arrêts longs : ne pas confondre arrêt médical et indemnisation

Une affection de longue durée peut ouvrir des règles particulières. Il faut distinguer les ALD exonérantes, qui permettent notamment une prise en charge à 100 % sur la base de remboursement pour les soins liés à la maladie, et les ALD non exonérantes.

Depuis l’automne 2026, la durée de versement des IJ a été réduite pour certains arrêts rattachés à une ALD non exonérante. Cette évolution concerne l’indemnisation, pas la durée médicale de l’arrêt. La fin des IJ ne signifie ni aptitude automatique, ni fin du contrat de travail. Notre analyse sur l’indemnisation des ALD non exonérantes présente les personnes concernées et les dates d’application.

Ce que le salarié peut faire pendant son arrêt

Le salarié doit se consacrer à son rétablissement et suivre les prescriptions médicales. Une activité professionnelle ou bénévole n’est pas librement permise. Elle peut entraîner la suspension ou le remboursement des IJ si elle n’a pas été autorisée.

• Travailler : un employeur ne peut pas demander au salarié de poursuivre ses tâches pendant l’arrêt. Une initiative du salarié ne produit toutefois pas automatiquement le même effet juridique. Consultez notre article sur le travail pendant un arrêt maladie.
• Partir ailleurs : un séjour reste possible sous conditions, en tenant compte des sorties autorisées et de l’accord éventuel de la CPAM. Voici les règles pour partir en vacances pendant un arrêt.
• Utiliser des titres-restaurant : les titres déjà acquis restent utilisables, mais l’employeur n’a normalement pas à en attribuer pour les jours non travaillés. Le dossier tickets-restaurant et arrêt maladie précise les exceptions.
• Acquérir des congés payés : les périodes d’arrêt maladie non professionnel ouvrent désormais des droits dans les limites prévues par la loi. Retrouvez les règles de calcul des congés payés pendant la maladie.

Quels contrôles l’employeur peut-il organiser ?

L’Assurance Maladie peut contrôler la justification médicale de l’arrêt et le respect des obligations du bénéficiaire. Lorsque l’employeur verse une indemnisation complémentaire, il peut également organiser une contre-visite médicale dans le respect des textes et de la convention collective.

Le médecin contrôleur ne transmet pas le diagnostic à l’entreprise. Il indique seulement si l’arrêt paraît justifié et si sa durée est adaptée. L’employeur doit respecter le secret médical : il ne peut pas exiger de connaître la maladie du salarié. TPE Actu détaille la procédure de contre-visite médicale et les informations que l’entreprise peut obtenir.

Peut-on licencier un salarié pendant un arrêt maladie ?

Un licenciement fondé sur l’état de santé est discriminatoire. L’arrêt maladie n’interdit cependant pas toute rupture du contrat. Un motif économique, une faute étrangère à la maladie ou, dans des conditions strictes, la désorganisation durable de l’entreprise nécessitant un remplacement définitif peuvent être invoqués.

L’employeur doit pouvoir établir la perturbation du fonctionnement de l’entreprise et la nécessité d’un remplacement définitif. Une simple gêne ou le coût d’un remplacement temporaire ne suffit pas. Notre dossier sur le licenciement après une absence prolongée présente les critères retenus par les juges.

Une rupture conventionnelle peut être conclue pendant un arrêt si le consentement du salarié reste libre et éclairé. Il convient d’éviter toute pression liée à la maladie. Consultez les précautions exposées dans notre article sur la rupture conventionnelle pendant un arrêt.

Préparer la reprise, le temps partiel thérapeutique ou l’inaptitude

Une visite de préreprise peut être organisée avant la fin d’un arrêt long afin d’anticiper les aménagements, le reclassement ou une reprise progressive. Selon la durée et l’origine de l’absence, une visite de reprise doit ensuite être organisée par l’employeur dans le délai prévu.

L’absence ou le retard de cette visite peut engager la responsabilité de l’entreprise. Notre synthèse sur la visite médicale de reprise rappelle les situations concernées.

Un temps partiel thérapeutique peut accompagner le retour au travail lorsqu’il est prescrit et accepté dans le cadre applicable. L’employeur doit alors transmettre les bons éléments de paie à la CPAM. Le guide consacré à l’attestation de salaire en temps partiel thérapeutique recense les erreurs fréquentes.

Si le médecin du travail déclare le salarié inapte, l’employeur doit étudier les possibilités de reclassement, sauf dispense expressément mentionnée dans l’avis. La procédure est expliquée étape par étape dans notre dossier sur l’inaptitude après une dépression.

La checklist de l’employeur

1. enregistrer l’absence sans demander le diagnostic ;
2. vérifier la transmission de l’arrêt et les règles conventionnelles ;
3. établir l’attestation de salaire nécessaire au paiement des IJ ;
4. appliquer le maintien de salaire et la subrogation lorsqu’ils sont prévus ;
5. organiser le remplacement temporaire sans annoncer trop tôt un remplacement définitif ;
6. préparer la reprise avec le service de prévention et de santé au travail ;
7. conserver une trace des démarches, tout en limitant l’accès aux données de santé.

Sources officielles et mises à jour

Ce guide s’appuie sur les informations publiées par l’Assurance Maladie, la fiche de Service-Public sur les indemnités journalières, les règles de contrôle d’un salarié en arrêt et la fiche consacrée à l’inaptitude après un arrêt maladie. Les montants et certaines durées évoluent : les articles spécialisés de TPE Actu permettent de suivre chaque modification.

À retenir : l’arrêt maladie suspend le contrat, mais ne fait pas disparaître les obligations des deux parties. La durée de la prescription, la durée de l’indemnisation et l’aptitude à reprendre sont trois questions différentes.